《九十九神》游戏采用即时战斗的方式,战斗特别之处是当敌方攻击时,玩家可以任意拉动场上角色以避开敌人的攻击;每场战斗时玩家可以选五名角色上场,举例来说,当敌人有大范围攻击时,玩家不仅可以拉动角色避开攻击,甚至还可以拉起前方已经失血的角色接近补师来补血,让玩家面对整个战斗更能随机应变。
玩家在《九十九神》游戏中可以经营自己的街道,建立像是火、水等多种学院,一方面来取得资源,另一方面也成为训练所。
《九十九神》中内建城镇系统,玩家将利用空间设计并在资源限制下,展现城镇经营的策略,同时还可以指派 NPC 驻紮设施,强化设施的功能。另外,玩家也可以派遣模物进行探索,寻找稀有材料。 玩家可以搭配 NPC 或魔物出战,但战斗中玩家仅能操控自身角色,NPC 与魔物皆会依照自己的性格决定行动,不过玩家可以切换主角武装,展现不同的战斗策略。